Το κυρίαρχο σώμα του ΣΕΜΕΞ αποτελεί η Γενική Συνέλευση η οποία επιμελείται και αποφασίζει για όλα τα θέματα που συμπεριλαμβάνονται στους σκοπούς του Σωματείου, ενώ επίσης εκλέγει τα όργανα διοίκησης.